有两个户口，一个在农村，一个是城市，想注销农村的，怎么办

应该去户口所在地的公安机关注销一个户口。
根据《中华人民共和国户口登记条例》第六条规定公民应当在经常居住的地方登记为常住人口，一个公民只能在一个地方登记为常住人口。
第十条规定公民迁出本户口管辖区，由本人或者户主在迁出前向户口登记机关申报迁出登记，领取迁移证件，注销户口。
公民由农村迁往城市，必须持有城市劳动部门的录用证明，学校的录取证明，或者城市户口登记机关的准予迁入的证明，向常住地户口登记机关申请办理迁出手续。公民迁往边防地区，必须经过常住地县、市、市辖区公安机关批准。