银行超时还款扣了违约金合法吗

解析：
这完全符合法律法规的规定。
您所提到的"信用卡违约金"具体含义是，当持卡人在最后偿还信用卡账单时，其实际还款额未能达到最低还款额标准时，对最低还款额未偿还的剩余款项需承担的违约责任。
根据我国现行相关法规，如果您有逾期还款的行为，而且双方签订的合同中有明确约定逾期违约金事项的话，那么您就必须按照协议进行支付；若合同中并无此类规定，则一般情况下无需承担该项违约金。
法律依据：
《民法典》第五百七十七条
当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。