假如自建房第二层是违建的可以自己拆吗

解析：
根据相关法律法规，自建房违法建筑事宜归属城乡规划主管部门进行统一管理。
如果建筑物背离了法律和法规的规定，那么城乡规划主管部门有权发出命令暂停项目建设或限令当事人在指定期限内自行撤除该建筑。
若当事人无视这些命令仍然继续施工且超过了指定的拆除期限，则政府可依法委托相关部门对施工现场进行查封并采取强制措施拆除该建筑物。
法律依据：
《中华人民共和国城乡规划法》第六十四条
未取得建设工程规划许可证或者未按照建设工程规划许可证的规定进行建设的，由县级以上地方人民政府城乡规划主管部门责令停止建设；
尚可采取改正措施消除对规划实施的影响的，限期改正，处建设工程造价百分之五以上百分之十以下的罚款；
无法采取改正措施消除影响的，限期拆除，不能拆除的，没收实物或者违法收入，可以并处建设工程造价百分之十以下的罚款。