仅盖有项目章的索赔协议有效吗

解析：
在实践中，这确实是具有法律效力的。
鉴于建筑企业通常涉及众多繁散的施工项目，这些项目又往往分布在远离其总部所在地点的其他地区。
因此，当在某些特定情形下，建筑公司未能在各个项目所在地设立分支机构时，为了便于开展业务运营，采用项目管理部门所开具的公章来签订合同便成了可行之举。
法律依据：
《民法典》第四百九十条当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。
在签名、盖章或者按指印之前，当事人一方已经履行主要义务，对方接受时，该合同成立。
法律、行政法规规定或者当事人约定合同应当采用书面形式订立，当事人未采用书面形式但是一方已经履行主要义务，对方接受时，该合同成立。