针对民事纠纷案件经调解达成书面协议后,若当事人对此协议持有异议这一现象,其处理方式需依具体情况进行分析。倘若该协议的形成未遵循自愿原则,或是涉及到违法事项,那么当事人有权向法院提出再审申请。然而,在此过程中,当事人必须提供充足的证据以证实以上所述的情况确实存在。反之,若调解协议并无任何违法违规之处,仅仅是由于当事人自身的意愿发生转变而产生不满情绪,那么通常情况下,想要推翻已签署的调解协议是相当困难的。原因在于,一旦调解协议被双方签字确认,便具备了一定的法律约束力。因此,对于此类状况,我们强烈建议当事人首先认真审查调解协议的各项条款及其签订过程,尽可能地搜集有利于自身的证据,然后再谨慎考虑采取何种法律手段来维护自身权益。此外,还应关注法律法规关于申请再审的时效性要求。