施工许可证的农民工保证金一般都是由施工单位来交的。具体流程是这样的:施工单位得在工程所在地方的建设行政主管部门指定的银行,开设一个专门的账户。然后,按照工程合同价款的一定比例,通常是 2%到 5%,把保证金存到这个账户里。缴纳的时间,大多是在领取施工许可证之前,或者是规定的期限内。等工程竣工了,并且没有拖欠农民工工资等情况出现,经过相关部门核实之后,施工单位就可以申请退还保证金以及它所产生的利息。这里要注意,不同的地方对于农民工保证金的缴纳比例、管理方式等规定是不一样的,施工单位一定要严格按照当地的规定去办理相关的手续。要是在缴纳过程中碰到问题了,就可以去咨询当地的建设行政主管部门或者相关的机构。