一、关于企业所得税。
该企业如何缴纳企业所得税呢？根据《国家税务总局关于企业政策性搬迁或处置收入有关企业所得税处理问题的通知》（国税函〔2009〕118号）第二条的规定，企业取得的政策性搬迁或处置收入按4种不同的方式进行企业所得税处理：
（一），企业根据搬迁规划，异地重建后恢复原有或转换新的生产经营业务，用企业搬迁或处置收入购置或建造与搬迁前相同或类似性质、用途或者新的固定资产和土地使用权（以下简称重置固定资产），或对其他固定资产进行改良，或进行技术改造，或安置职工的，准予其搬迁或处置收入扣除固定资产重置或改良支出、技术改造支出和职工安置支出后的余额，计入企业应纳税所得额。
（二），企业没有重置或改良固定资产、技术改造或购置其他固定资产的计划或立项报告，应将搬迁收入加上各类拆迁固定资产的变卖收入、减除各类拆迁固定资产的折余价值和处置费用后的余额计入企业当年应纳税所得额，计算缴纳企业所得税。
（三），企业利用政策性搬迁或处置收入购置或改良的固定资产，可以按照现行税收规定计算折旧或摊销，并在企业所得税税前扣除。
（四），企业从规划搬迁次年起的五年内，其取得的搬迁收入或处置收入暂不计入企业当年应纳税所得额，在五年期内完成搬迁的，企业搬迁收入按上述规定处理。
根据上述规定，只要企业符合以下两个条件，取得的搬迁补偿收入可不用在当年确认收入，视搬迁进展情况，可在规划搬迁次年起五年内确认收入：
1、因政府城市规划、基础设施建设等政策性原因搬迁。
2、有新的投入计划或立项报告。此案中，由于企业提供了政府搬迁文件、搬迁协议、搬迁计划和重置固定资产的立项报告，根据上述文件，此项收入可不在当年计入应纳税所得额。很明显，企业当年多缴纳了企业所得税。
企业取得“搬迁补偿收入”除了涉及企业所得税外，还涉及营业税金及附加、土地增值税和印花税等3个税种。
二、关于营业税。
按照《国家税务总局关于土地使用者将土地使用权归还给土地所有者行为营业税问题的通知》（国税函〔2008〕277号）规定，纳税人将土地使用权归还给土地所有者时，只要出具县级（含）以上地方人民政府收回土地使用权的正式文件，无论支付征地补偿费的资金来源是否为政府财政资金，该行为均属于土地使用者将土地使用权归还给土地所有者的行为，不征收营业税。《国家税务总局关于政府收回土地使用权及纳税人代垫拆迁补偿费有关营业税问题的通知》（国税函〔2009〕520号）又补充说，上述文件中关于县级以上（含）地方人民政府收回土地使用权的正式文件，包括县级以上（含）地方人民政府出具的收回土地使用权文件，以及土地管理部门报经县级以上（含）地方人民政府同意后由该土地管理部门出具的收回土地使用权文件。此案中，企业财务人员向税收管理员出具了广州市人民政府的收回土地文件等相关资料，因此该企业这6000万元搬迁补偿费可不用缴纳营业税。
三、关于土地增值税。
《土地增值税条例》第八条规定，因国家建设需要依法征用、收回的房地产免征土地增值税。《土地增值税暂行条例实施细则》第十一条规定，条例第八条
（二）项所称的因国家建设需要依法征用、收回的房地产，是指因城市实施规划、国家建设的需要而被政府批准征用的房产或收回的土地使用权。根据相关文件精神，在确定搬迁收入的土地增值税征免时，需要确定两个条件。一是是否因城市实施规划、国家建设的需要而被政府批准征用；二是如属于“城市实施规划”而搬迁，还需要确定是否因旧城改造或因企业污染、扰民（指产生过量废气、废水、废渣和噪音，使城市居民生活受到一定危害），而由政府或政府有关主管部门根据已审批通过的城市规划确定进行搬迁。此案中，企业财务人员向税收管理员提供了政府进行“旧城改造”批复文件、具体规划等相关文件，企业此项搬迁补偿收入可以认定为土地增值税的免税收入，应到税务机关办理相关减免税手续。
四、关于印花税。
由于印花税属于列举征收，而“搬迁补偿协议”不在列举范围内，此搬迁补偿收入也可以暂不缴纳印花税。
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