商标被提出撤三，也确实适用了商标，也提供了适用证据，但是最终还是被撤销了，请问商标被撤三近似商标在使用的怎么处理

你的商标被撤三近似商标在使用的问题，
首先，你要看清楚你的决定书，上面写的是提供的证据无效，还是未提供证据。商标局对于证据是有要求的，楼上也基本都回答了。如果真如题主说的按要求提供了相应时间内的使用样张，合同和发票，一般都没问题，我曾经在无赖的情况下仅交过一张没有时间的照片，也只交过一个包装袋，但是商标局都核准继续有效了。你这种情况不得不让人联想到你的代理机构是否提交了证据，或者提供的证据无效。
其次，解决办法就是做复审，如果商标真的重要就不要在乎几千块钱了，撤销复审的要求更高，因为涉及到对方还有质证程序，这是在之前的撤三答辩中没有的程序，对方会根据证据三性等对你提交的证据作出分析，SO，你需要找真正的专业人士。
最后，如果的撤销复审还是输了，还可以走北京知识产权法院的一审，北京高院的二审，还有可能会到最高院再审，所以，如果确实在用也不要太紧张。