哺乳期夫妻分居孩子由谁来抚养

法律分析：
（1）哺乳期夫妻分居时，法律原则上规定孩子由母亲抚养，因为不满两周岁的子女，以由母亲直接抚养为原则，且哺乳期孩子需要母亲哺育照料，母亲抚养对孩子成长更有利。
（2）但如果母亲存在不宜抚养孩子的情况，像患有久治不愈的传染性疾病或其他严重疾病，子女不宜与其共同生活，或者有抚养条件却不尽抚养义务，而父亲要求子女随其生活时，父亲请求直接抚养，法院会支持。
（3）若双方就孩子抚养问题无法协商一致，可通过向法院提起诉讼，由法院依据具体情况进行判决。

提醒：
哺乳期孩子抚养问题较复杂，不同家庭情况不同，若遇到此类纠纷，建议咨询专业人士进一步分析。