离婚房屋补偿款不能一次性付清如何处理

（一）双方可自行协商，达成一致后签订补充协议，在协议里明确补偿款分期支付的金额、时间节点以及违约责任等内容，以此保障双方权益。
（二）若协商不成，另一方可以向法院起诉。法院会结合双方经济状况、房屋实际情况等进行审理。
（三）若判决后，负有支付义务的一方不履行，另一方可在规定时间内申请强制执行，法院有权采取查询、冻结、划拨存款，扣留、提取收入，查封、扣押、拍卖、变卖财产等措施来实现补偿款支付。

法律依据：
《中华人民共和国民事诉讼法》第二百四十九条规定，被执行人未按执行通知履行法律文书确定的义务，人民法院有权向有关单位查询被执行人的存款、债券、股票、基金份额等财产情况。人民法院有权根据不同情形扣押、冻结、划拨、变价被执行人的财产。人民法院查询、扣押、冻结、划拨、变价的财产不得超出被执行人应当履行义务的范围。