结论:你生产的食品原料被检出菌落总数超标,先别慌,要分是行政违法还是刑事、以及超标程度。菌落总数超标一般先由市场监管部门按食品安全法处罚:责令整改、没收、罚款,情节严重吊证。是否犯罪看是否“足以造成严重食物中毒事故或其他严重食源性疾病”,单纯菌落总数超标通常不构罪,但若检出致病菌(如沙门氏菌等)或造成重大事故,可能触犯生产不符合安全标准的食品罪。你现在要做的:第一,封存同批原料、自查生产环节(温控、卫生);第二,配合抽检、如实提供记录;第三,主动召回、整改,争取从轻。如果是购进的原料本身带菌,可向供货方追偿并举报。提醒:留好各环节温控、消毒、检验记录,证明你尽到注意义务,能大幅降低责任。别隐瞒,配合调查最有利。