我的一个好哥们，他自己开的公司里员工违约合同辞职，他就扣除了员工百分之二十的工资结果被告上了法庭，问一下扣除工资的20%违约金合不合法，那么应该怎样扣除才可以？

1、拖欠工资的，可以到劳动部门的保障监察大队投诉，也可直接申请劳动仲裁。首先应该到所在市区的劳动局对你公司进行投诉,劳动监察大队会对此立案,留下你的基本资料.然后去你公司调查了解,事情属实他们会出面调解,并警告你公司的行为已违反劳动法,遇到拒不执行的公司他们会强制执行. 单位拖欠工资是一个常见的问题，你可以通过下面的方法解决：
(1).到劳动行政部门举报(通常是劳动管理监察大队。
(2).也可以直接申请仲裁(仲裁费用200-300元，如果你胜了全部由公司负担。
(3).如果对仲裁结果不满意可以在拿到仲裁书后15天之内到法院起诉。
(4).根据国家规定在仲裁或诉讼的时候，你可以要求除在规定的时间内全额支付劳动者工资报酬外，还需加发相当于工资报酬百分之二十五的经济补偿金。(具体法律根据见参考部分)。
《劳动合同法》第八十五条：用人单位有下列情形之一的，由劳动行政部门责令限期支付劳动报酬、加班费或者经济补偿;劳动报酬低于当地最低工资标准的，应当支付其差额部分;逾期不支付的，责令用人单位按应付金额百分之五十以上百分之一百以下的标准向劳动者加付赔偿金：
(一)未按照劳动合同的约定或者国家规定及时足额支付劳动者劳动报酬的;
(二)低于当地最低工资标准支付劳动者工资的;
(三)安排加班不支付加班费的;
(四)解除或者终止劳动合同，未依照本法规定向劳动者支付经济补偿。
拖欠工资的法律后果
用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。
《劳动合同法》第三十条第一款 风险影响：
1.劳动者可以解除合约
根据《劳动合同法》第三十八条规定，用人单位对劳动者未及时足额支付劳动报酬的，劳动者可以解除劳动合同。
2.支付赔偿金
《劳动法》第九十一条：“用人单位有下列侵害劳动者合法权益情形之一的，由劳动行政部门责令其支付劳动者的工资报酬、经济补偿，并可以责令其支付赔偿金：
(1)克扣或者无故拖欠劳动者工资的;
(2)拒不支付劳动者延长工作时间工资报酬的;
(3)低于当地最低工资标准支付劳动者工资的;
(4)解除劳动合同后，未依照本法规定给予劳动者经济补偿的。” 可以看出，无故拖欠职工工资，资方要支付拖欠工资、补偿金(25%拖欠工资额)，必要时还要支付赔偿金(但要以造成实际损害为前提)。