民事纠纷案对方的证据有疑问，怎样去提出质疑

有新的证据证明开庭已经质证的证据有疑点，可以在上诉时提交新证据，或者申请再审时提交也可以。
对方证据的瑕疵对您是有利的，瑕疵证据是不会得到法院的认可的，这样对您有利。当然了，如果和案件有密切关系的证据是可以申请调取的
证据的客观真实性
客观真实性指作为民事证据的事实材料必须是客观存在的。也就是说，作为证据事实，它不以任何人的主观意志为转移，它以真实而非虚无的、客观而非想象的面目出现于客观世界，且能够为人所认识和理解。
为此，一方面要求当事人在举证时必须向人民法院提供真实的证据，不得伪造、篡改证据；要求证人如实作证，不得作伪证；要求鉴定人提供科学、客观的鉴定结论。另一方面，要求人民法院在调查收集证据时，应当客观全面，不得先入为主；要求人民法院在审查核实证据时必须持客观立场。