您好，我姐姐他们公司是一家独立的分公司，我姐姐他们公司在扩展公司的业务的事后，特地签订了一份公司的合作协议书，独立记账分公司合同盖总公司章有效吗

(一)分公司与本公司之间是一种代理关系
实质上，总公司与分公司之间是代理的法律关系，分公司是总公司的代理人。总公司授权了分公司在一定范围内进行经营活动，分公司在总公司授权范围内对外签订的合同，一般都是有效的。但是，与分公司签订合同时，一定要事先审查其授权委托书，看看总公司是否有授权，授权的范围又包不包括你们合同相议的。为了谨慎起见，也可以要求分公司加盖总公司的公章。
(二)超出总公司授权范围签订的合同为效力待定合同
如果签订合同的时候，合同的相对人没有审查总公司对分公司的授权委托书，事后才知道总公司并没有授权或者分公司签订的合同超过了授权范围，合同也不会沦为无效合同，而是效力待定合同，可以请求总公司追认，得到总公司追认后效力待定的合同就变为有效合同，相反，合同无效。在合同被总公司追认前，善意的合同相对人可以通知撤销。
(三)没有得到授权但适用表见代理的情形
分公司没有得到总公司的代理权、超越总公司授权的范围或者代理权被终止、被限制后，仍然对外订立合同，善意的合同相对人有理由相信分公司有代理权的，适用表见代理制度，该合同有效，主要情形包括：
1、被代理人，即总公司明知行为人，即分公司以其名义订立合同而不否认的;
2、分公司持有总公司公章订立合同的;
3、总公司对分公司的授权范围不明的;
4、总公司对分公司的授权已经终止或者已经限制了某些范围，但是并没有及时通知让相对人知悉的;
三、分公司超出总公司的授权范围为他人签订保证合同的，该保证合同无效
分公司是总公司的分支机构，对外提供保证需要经过总公司的书面授权，总公司没有授权而分公司擅自对外签订保证合同的，保证合同无效，对债权人造成的损失，债务人、保证人(分公司)、债权人应当按照过错原则各自承担相应的民事责任。分公司的赔偿责任由分公司经营管理的财产承担。
对外保证经过总公司的书面授权的，保证合同有效，但是如果总公司的书面授权范围不明的，应当由分公司承担全部保证合同的保证责任。分公司经营管理的财产不足以承担保证的全部债务的，由总公司承担。
分公司虽然可以和其他公司进行签署相关合同，但是分公司没有自己所属的独立法人，所有在和其他公司签署合同的时候还是需要出示由总公司颁发的相关书面授权，所有在和其他公司分公司签署合约的时候一定要将合同授权书检查清楚。