部队分居证明，是先填男方的身份证还是女方的

具体应当咨询当地公安机关，以福建省为例，因家庭矛盾无法使用本户《居民户口簿》办理申领《居民身份证》的，予以受理其《居民身份证》的申、换、补领手续。根据《福建省公安机关户口管理规范》：
第一百七十二条立为一户的家庭，其户主或者家庭成员一方因家庭内部矛盾不愿将本户《居民户口簿》交与其他家庭成员使用、以致该家庭成员无法办理个人相关事务的，公安派出所应当对保管《居民户口簿》的一方进行说服教育；教育无效的，书面告知其相关户口政策；告知5个工作日后仍不提交《居民户口簿》的，公安派出所可以凭该家庭成员的书面申请、《告知书》，按照下列情形办理：
（一）因家庭矛盾无法使用本户《居民户口簿》办理申领《居民身份证》的，予以受理其《居民身份证》的申、换、补领手续；
（二）因离婚需使用本户《居民户口簿》办理户口迁移、分户等户口变动手续的，由申请人提交离婚证书（或者人民法院判决书）等材料，公安派出所予以受理其户口变动手续；
（三）因家庭矛盾无法使用本户《居民户口簿》办理结婚登记、购房、诉讼等其他社会活动的，公安派出所为其制发仅含首页和其本人“常住人口登记卡”内容的《居民户口簿》，并在《常住人口登记表》和福建省治安管理信息系统中注明相关情况。