办案民警把当事人的保证金5000元从银行取出后拿走了

取保候审保证金由公安机关统一收取并保管。《刑事诉讼法》第56条规定：被取保候审的犯罪嫌疑人、被告人应当遵守以下规定：
1、未经执行机关批准不得离开所居住的市、县；
2、在传讯的时候及时到案；
3、不得以任何形式干扰证人作证；
4、不得毁灭、伪造证据或者串供。被取保候审的犯罪嫌疑人、被告人违反前款规定，已缴纳保证金的，没收保证金，并且区别情形，责令犯罪嫌疑人、被告人具结悔过，重新交纳保证金、提出保证人或者监视居住、予以逮捕。犯罪嫌疑人、被告人在取保候审期间未违反前款规定的，取保候审结束的时候，应当退还保证金。