对土地承包经营权证单证不符怎么办

1、土地承包经营权确权纠纷，可以向土地管理部门申请裁定，也可以起诉到法院由法院进行判决处理。
2、法律依据：《中华人民共和国民法典》
第三百三十一条 土地承包经营权人依法对其承包经营的耕地、林地、草地等享有占有、使用和收益的权利，有权从事种植业、林业、畜牧业等农业生产。
第三百三十二条 耕地的承包期为三十年。草地的承包期为三十年至五十年。林地的承包期为三十年至七十年。
前款规定的承包期限届满，由土地承包经营权人依照农村土地承包的法律规定继续承包。
第三百三十三条 土地承包经营权自土地承包经营权合同生效时设立。
登记机构应当向土地承包经营权人发放土地承包经营权证、林权证等证书，并登记造册，确认土地承包经营权。
第三百三十七条 承包期内发包人不得收回承包地。法律另有规定的，依照其规定。
第三百三十八条 承包地被征收的，土地承包经营权人有权依据本法第二百四十三条的规定获得相应补偿。
第三百三十九条 土地承包经营权人可以自主决定依法采取出租、入股或者其他方式向他人流转土地经营权。
第三百四十条 土地经营权人有权在合同约定的期限内占有农村土地，自主开展农业生产经营并取得收益。
第三百四十一条 流转期限为五年以上的土地经营权，自流转合同生效时设立。当事人可以向登记机构申请土地经营权登记经登记，不得对抗善意第三人。
第三百四十二条 通过招标、拍卖、公开协商等方式承包农村土地，经依法登记取得权属证书的，可以依法采取出租、入股、抵押或者其他方式流转土地经营权。
第三百四十三条 国家所有的农用地实行承包经营的，参照适用本编的有关规定。
对于土地承包权的认定，是需要由当事人向土地管理部门提出申请，并提交相关材料后，由土地管理部门来进行认定的，特别是对于承包的期限、以及承包的义务和权利都要进行明确的规定，如果对相关情况的处理不清楚的，可以咨询土地管理部门。