计算经济补偿金计算基数时不应将加班工资包括在内。如有证据证明用人单位恶意将本应计入正常工作时间工资的项目计入加班工资,以达到减少正常工作时间工资和经济补偿金计算标准的,则应将该部分“加班工资”计入经济补偿金的计算基数。
《劳动合同法实施条例》第二十七条 劳动合同法第四十七条规定的经济补偿的月工资按照劳动者应得工资计算,包括计时工资或者计件工资以及奖金、津贴和补贴等货币性收入。劳动者在劳动合同解除或者终止前12个月的平均工资低于当地最低工资标准的,按照当地最低工资标准计算。劳动者工作不满12个月的,按照实际工作的月数计算平均工资。