我和商户的协议问题和纠纷，怎么办

口头协议对方不承认的，主张协议存在的一方应当提供其他证据证明，如果没有其他证据证明，法律上视为该协议不存在。
口头协议也是合同形式中一种重要的表现形式。依据《合同法》第十条的规定，除了法律、行政法规规定或当事人约定必须采用书面形式的合同外，均可采用口头形式订立合同。如果对方不承认，可以向人民法院提起诉讼，维护其自身合法权益。
但是，在起诉时，根据谁主张谁举证原则，原告向法院起诉时应当提交能够证明其诉讼请求的证据，虽无书面形式的合同，但也可凭借其他辅助证据证明案件的事实。比如：微信聊天记录、通话录音、视频录像、收发货交接单、往来函件邮箱、证人等。凡是能够证明合同当事人各方权利义务的，都可以视为证据提交给法院。
第一百二十八条合同争议的解决
当事人可以通过和解或者调解解决合同争议。当事人不愿和解、调解或者和解、调解不成的，可以根据仲裁协议向仲裁机构申请仲裁。涉外合同的当事人可以根据仲裁协议向中国仲裁机构或者其他仲裁机构申请仲裁。当事人没有订立仲裁协议或者仲裁协议无效的，可以向人民法院起诉。当事人应当履行发生法律效力的判决、仲裁裁决、调解书；拒不履行的，对方可以请求人民法院执行。