叔叔在上班的时候，因为自己的问题，导致出现了工程意外，导致叔叔受了伤，现在导致残疾了，但是经过工伤认定对方认为不认定为工伤，所以不认定工伤能做伤残认定吗？

不可以
伤残鉴定与工伤伤残鉴定分属两个系统管辖和分别处理不同的对象。
司法鉴定必须由警署提出报告处理；工伤鉴定由劳动局提出报告处理。因此，你的情况不能作为司法鉴定进行，只能作为工伤伤残鉴定进行。如果去上海鉴定不便，你单位可向当地劳动局、社保局进行异地工伤伤残鉴定的咨询。
你现在还没有申报工伤，应先积极作为工伤进行伤残鉴定,如不行,再走一般医疗角度的伤残鉴定，由你本人向医疗单位提出申请进行。
如果从一般医疗角度进行伤残鉴定，即失去了一系列关于工伤伤残基本劳动保障以及待遇。