股东会决议强行变更法人，但营业执照原件及公章都在原法人那里，这种情况工商部门会办理变更手续吗？

首先需要说明的一点是：法人和法定代表人不是一个概念。公司法第3条规定，公司是企业法人。公司法第13条规定，公司法定代表人依照章程规定，由董事长、执行董事或者经理担任，并依法登记。所以，法人是指公司，而法定代表人是指代表公司对外行使权利的自然人。问题中提到的“法人”应该是“法定代表人”的意思。
根据企业法人法定代表人登记管理规定第7条，有限责任公司或者股份有限公司更换法定代表人的，需要由股东会、股东大会或者董事会召开会议作出决定。因此，通过股东会决定变更法定代表人符合法律上的程序正义要求，不存在“强行变更”一说。
根据企业法人法定代表人登记管理规定第6条，企业法人申请办理法定代表人变更登记，应当向原登记机关提交以下文件：
.对企业原法定代表人的免职文件；
b.对企业新法定代表人的任职文件；
c.有原法定代表人或者拟任法定代表人签署的变更申请登记书。
实践中，变更申请登记表一般要求加盖公章。并且，工商管理部门一般也要求提交营业执照正副本。但是，这两个要求并非是法律和行政法规的强制性要求。如果因为原法定代表人不配合，导致公司不能提供，工商部门仍应该办理变更手续。如果工商部门不予办理，则属于行政范畴。