如果种树没有超出界线，但在界线旁，但树根超出土地界线，怎么办

2004年，国家下发了《关于坚决制止占用基本农田进行种树等行为的紧急通知》，《通知》规定：不准占用基本农田进行植树造林、发展林果业和搞林粮间作以及超标准建设农田林网。根据这一规定，农户承包的土地如果不在基本农田保护区内，可以种树，但必须处理好地邻之间的关系，农田种树不得影响他人正常的农业生产，不得损害他人的利益。而根据《土地管理法》第三十六条的规定，基本农田中禁止栽树、养鱼等。
在可耕地里种树是不允许的，如果因为在耕地里种树引起纠纷，经协商无法解决的，受损方可到法院起诉要求赔偿。
根据你的情况，5米内种树，如果影响到你耕地的采光或树木的大量根系到你家地里吸收营养了，就属于影响你家正常的农业生产了，也就违反了上述法规了。