若母公司应按规定缴纳土地增值税时,母公司按土地的成本价投资子公司,可被认定为未按企业之间的业务往来收取或者支付价款、费用,税务机关可合理调整应纳税额。若子公司不是从事房地产开发,母公司转让土地使用权可免征土地增值税;若子公司从事房地产开发,母公司应按《土地增值税暂行条例》以及相关规定:“
(一)对取得土地或房地产使用权后,未进行开发即转让的,计算其增值额时,只允许扣除取得土地使用权时支付的地价款,交纳的有关费用,以及在转让环节缴纳的税金。
(二)对取得土地使用权后投入资金,将生地变为熟地转让的,计算其增值额时,允许扣除取得土地使用权时支付的地价款、交纳的有关费用,和开发土地所需成本再加计开发成本的20 以及在转让环节缴纳的税金。”等相关规定计算缴纳土地增值税。