请问我可以直接向政府部门，如安置办和拆迁办发函吗？

依据国有土地上房屋征收与补偿条例的规定，拆迁公司并不是政府部门，拆迁公司是房屋征收部门委托的房屋征收实施单位。
市、县级人民政府负责本行政区域的房屋征收与补偿工作。
市、县级人民政府确定的房屋征收部门组织实施本行政区域的房屋征收与补偿工作。
房屋征收部门可以委托房屋征收实施单位，承担房屋征收与补偿的具体工作。房屋征收实施单位不得以营利为目的。
房屋征收部门对房屋征收实施单位在委托范围内实施的房屋征收与补偿行为负责监督，并对其行为后果承担法律责任。