行政事业合并时单位的债权债务特别大怎么办

问题说得太简单，具体哪个行政事业单位，不同的条条块块不一样的。就拿医院来说，有的地方已经搞了医疗集团设立了公司，那你这个医院就属于公司法人，按照公司法的规定来。一般来说合并后的单位承接合并前两单位的债权债务，但这是粗略一说，具体操作要看你具体的债的性质，文件怎么签的，双方的主体资格等等。另外如果不希望把原有债权债务带到新单位上，那么就涉及到资产整合的问题。
首先说债权，如果能实现（即收到钱）不成问题，如果有大量债权无法实现那就是不良资产，这种时候可以选择看你的需要，比如打包卖给接盘的资产管理公司，剥离不良资产。
其次是债务，换不清的债务可以通过收购、核销、减资等方式处理，但终究要求你有个财务底子，不然的话就得有人注资，所谓注入优质资产。如果是国有企事业单位，上面说的方式都是要地方政府领导部门支持才能搞的。