您好，关于工厂克扣员工工资该如何处理这个问题，我的解答如下,
一、据理力争
在矛盾只是发生在公司与你之间，且你认为可以通过协商解决的情况下，应当据理力争。
1、理清工资计算与发放的依据，让克扣工资的情况明明白白的显示出来
2、询问克扣工资的原因
3、你本人要清楚，工资我国法律规定：工资是不可以扣、罚的。工资一般分为两部分，一部分为固定工资，根据出勤天数计发，不得克扣，即使是做错了事也是不可以克扣的另一部分为奖金部分，可以根据个人的工作表示决定给多或给少。
如果是双方约定了固定工资的则即使做错了事，也是不可以扣工资的，那些因为员工、提前辞职原因不扣发工资是没有法律依据的。
二、投诉、举报
对地企业克扣工资，员工可以选择以下方式进行投诉：
1、打劳动保障热经12333投诉，这个电话全国统一，投诉时需要实名投诉，要提供本人的身份证号码、姓名。你可以多打几次进行投诉
2、到当地劳动站、人力资源和社会保障局的劳动监察大队投诉
这些机构是专业处理劳资纠纷的，他们会上门查处克扣工资的违法行为。
三、劳动仲裁
若公司可以说明不是克扣工资，是依法计算只是由于出勤、双方约下的奖金方面的原因而减发工资的，则以上机构是不会处理的。
在这种情况下，你若认为公司确为克扣的，可以提起劳动仲裁。
不需要考虑太多，劳动仲裁对于劳动者来说需要提交的资料是很简单的。
1、本人身份证(原件及复印件)
2、企业的基本资料(工商注册打印)
3、劳动合同
4、填写劳动仲裁申请书，说明你认为克扣了工资的理由。这个你只需要说明，不需要举证的，是否克扣工资是应当由单位证明的。
法律依据《劳动法》
第五十条 工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
《劳动合同法》
第八十五条用人单位有下列情形之一的，由劳动行政部门责令限期支付劳动报酬、加班费或者经济补偿劳动报酬低于当地最低工资标准的，应当支付其差额部分逾期不支付的，责令用人单位按应付金额百分之五十以上百分之一百以下的标准向劳动者加付赔偿金：
(一)未按照劳动合同的约定或者国家规定及时足额支付劳动者劳动报酬的
(二)低于当地最低工资标准支付劳动者工资的
(三)安排加班不支付加班费的
(四)解除或者终止劳动合同，未依照本法规定向劳动者支付经济补偿的。
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