依照和《医疗事故处理条例》同日起实施的配套文件《医疗事故技术鉴定暂行办法》规定，由医疗事故争议双方当事人协商解决医疗事故争议。需要进行技术鉴定的，应共同书面委托医疗机构所在地负责首次鉴定工作的医学会进行鉴定。
县级以上地方人民政府卫生行政部门接到医疗机构关于重大医疗过失行为的报告或者医疗事故争议当事人要求处理医疗事故争议的申请后，对需要进行技术鉴定的医疗事故，应当书面移交负责首次鉴定工作的医学会组织鉴定。
协商解决医疗事故争议涉及多个医疗机构的，应当由涉及的所有医疗机构与患者共同委托其中任何一所医疗机构所在地负责组织首次鉴定工作的医学会进行鉴定；医疗事故争议涉及多个医疗机构，当事人申请卫生行政部门处理的，只可以向其中一所医疗机构所在地卫生行政部门提出处理申请。
有以下六种情况之一的医疗事故，医学会不予受理技术鉴定：
1、当事人一方直接向医学会提出鉴定申请的；
2、医疗事故争议涉及多个医疗机构，其中一所医疗机构所在地的医学会已经受理的；
3、医疗事故争议已经人民调解达成协议或判决的；
4、当事人已向人民提起民事诉讼的（司法机关委托的除外）；
5、非法行医造成患者身体健康损害的；
6、卫生部规定的其他情形。
《医疗事故处理条例》规定，设区的市级地方医学会和省、自治区、直辖市直接管辖的县（市）地方医学会负责组织首次医疗事故技术鉴定工作， 省、自治区、直辖市地方医学会负责组织再次鉴定工作，必要时，中华医学会可以组织疑难、复杂并在全国有重大影响的医疗事故争议的技术鉴定工作。
医疗事故争议双方当事人都同意做鉴定时，可直接由医学会组织专家做医疗事故技术鉴定；当事人有一方不同意的，要求鉴定的一方可通过卫生行政部门 （一般是卫生局医政处）要求医疗事故技术鉴定，医政处审核后认为需要做鉴定的就移交医学会；另外，可直接将案件中涉及的医疗事故争议委托医学会鉴定。
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