企业内部承包合同纠纷应该怎么处理

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合同当事人如果不能协商一致，可以要求有关机构调解如，一方或双方是国有企业的，可以要求上级机关进行调解。上级机关应在平等的基础上分清是非进行调解，而不能进行行政干预。当事人还可以要求合同管理机关、仲裁机构、法庭等进行调解。
合同当事人协商不成，不愿调解的，可根据合同中规定的仲裁条款或双方在纠纷发生后达成的仲裁协议向仲裁机构申请仲裁。
如果合同中没有订立仲裁条款，事后也没有达成仲裁协议，合同当事人可以将合同纠纷到，寻求司法解决。
确定合同纠纷的管辖地:
关于各类合同纠纷的地域管辖可以分几个部分
（一）在各类合同中有两类合同民诉法做了特别规定：
保险合同：被告住所地、保险标的物所在地。
若保险标的物是运输工具或运输中的货物：被告住所地、运输工具登记注册地、运输目的地、保险事故发生地。
运输合同：运输始发地、目的地、被告住所地。
（二）对于其他合同：
双方当事人可以协议选择以下：被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地。
若当事人
①未选择或
②选择管辖的协议不明确或
③选择了两个以上或
④选择违反了级别管辖和专属管辖规定（在②③④情形下，协议无效）,管辖为被告住所地、合同履行地。
若合同没有实际履行且当事人双方住所地又都不在合同约定的履行地，管辖地未被告住所地。
（三）合同履行地的确定。
1、双方在合同中对交货地点有约定的，以交货地点为合同履行地。
2、合同的实际履行地与合同中约定交货地点不一致，以实际履行地为合同履行地。
3、若在合同中对交货地点没有约定的，以交货方式确定合同履行地。
（１）送货方式：以货物到达地为合同履行地。
（２）提货方式：以提货地为合同履行地。
（３）代办托运：以货物发运地为合同履行地。
加工承揽合同：除当事人另有约定，以加工地作为合同履行地。
财产租赁合同、融资租赁合同：除当事人另有约定，以租赁物使用地为合同履行地。
补偿贸易合同：以接受投资一方主要义务履行地为合同履行地。
借款合同：除当事人另有约定，以贷款方所在地为合同履行地。
证券回购合同：凡在交易场所内进行的，交易场所所在地为合同履行地。
名称与内容不一致的合同：以该合同的内容确定合同的性质，从而确定合同履行地；若根据该合同的内容难以区分合同的性质，以及合同的名称与该合同的部分内容相符的，则以合同的名称确定合同履行地。
供用电、水、气、热力合同：按当事人的约定确定；当事人没有约定或约定不明确的，供电、供水、供气、供热力设施的产权分界处为履行地点。
《仲裁法》第二条平等主体的公民、法人和其他组织之间发生的合同纠纷和其他财产权益纠纷，可以仲裁。
《仲裁法》第五条当事人达成仲裁协议，一方向人民的，人民不予受理，但仲裁协议无效的除外。