寻衅滋事罪初犯的主犯在检察院会是怎么处罚

你所说的处罚可能包括两层含义：
1.刑罚的判处；
2.刑罚的执行。这两个职能都不归人民检察院。检察院的工作职能是，在侦查阶段根据公安机关提请批准逮捕书，审查犯罪嫌疑人是否符合逮捕条件，符合逮捕条件的，批准逮捕，交由公安机关执行逮捕。在审查阶段，人民检察院有权根据案件审查情况，决定或者不。当经过审查，认为犯罪嫌疑人有犯罪事实，证据确实充分的，就将案件到人民，由人民来审判是否构成犯罪，构成什么犯罪，给予什么样的处罚。或者人民认为无犯罪事实，或证据不足不能认定犯罪的，作出被告人无罪的判决。被告人被判有期徒刑或拘役的，由刑罚执行机关--或者（刑期较低的）对被判刑的人执行刑罚；判处监视居住的，由公安机关执行；判决无罪的，立即予以释放。无罪的人被羁押最终又被宣告无罪的，可依国家赔偿法的规定申请国家赔偿。