房子是二层，有前后两个院子是独立的建筑但是拆迁协议中说院子不能算在房子的面积里得单独算补偿很小这个做法是对的吗？

房屋拆迁纠纷一般分为两类，一类是：国有土地上房屋的拆迁，应当依据《国有土地上房屋征收与补偿条例》规定的法定程序执行。在该法中也规定了政府及职能部门的职责，如果存在违法且侵害他人合法权益，则权益被侵害人可以依法申请行政复议或行政诉讼。对于补偿标准问题，法律规定是不低于周边房屋市场价格。另一类是：集体土地上房屋的拆迁，应当依照《土地管理法》及各地集体土地上房屋拆迁办法执行，此类拆迁也应依法进行。补偿标准也应当参照国有土地上房屋征收与补偿条例精神执行。由于房屋拆迁案件涉及众多部门，众多单位，征收过程中又有很多的部门作出各种行政行为，案件非常复杂，维护权益建议聘请专业律师。