购买时是第三套，办房权证时是第二套，按第几套交契税？

1、纳税人已按预售面积、预售房款缴纳契税，但办理房产证时，发现实测面积与预售面积有误差，导致房款发生变化，致使纳税人多缴税款的，可以申请退税。
这种情况依据的是税收征管法第五十一条：纳税人超过应纳税额缴纳的税款，税务机关发现后应当立即退还；纳税人自缴纳税款之日起三年内发现的，可以向税务机关要求退还多缴纳的税款。
2、房屋交易不成立，买卖双方撤销原房屋销售合同，并签订有退房协议，在办理房产证之前可以申请退还已缴纳契税。
此种情况依据的是财政部、国家税务总局印发的《关于购房人办理退房有关契税问题的通知》：对已缴纳契税的购房单位和个人，在未办理房屋权属变更登记前退房的，退还已缴纳契税在办理房屋权属变更登记后退房的，不予退还已缴纳契税。