宅基地自建房的房屋纠纷会不会影响土地确权

首先，按规定，离婚时进行房产分割，并且分割的是宅基地上的房屋，必须遵守农村宅基地不得向城镇居民转让规定。并且，起诉离婚后，法院也不能以拍卖方式分割。
其次，夫妻双方可以协商确定房屋占有人。根据离婚的规定，双方可以先协商确定离婚房产的分割，确定谁占有房屋，是否进行房屋补偿等。当然，如果双方协商不下，或者直接起诉离婚时，将房产分割问题交给法院处理时，法院会遵循以下的分割原则：
1、男女平等原则；
2、照顾子女和女方利益原则；
3、有利于生活，方便生活原则；
4、权利不得滥用原则；
5、为一方所有的财产共同生活时遭到损坏后，另一方不予补偿。因此，双方取得该房屋的可能性是相同的，不过因为离婚后女方继续生活在原地不具有可能性，所以，实践中的做法是，将房子判给男方所有，不过男方要按房屋价值的一半补偿女方。