根据你的问题解答如下,
1、职员使用假发票报销费用属侵吞公司财产行为,所在单位也可能因此“背黑锅”。
2、根据相关税收法律、法规营业额规定,部分行业计税金额为收入款项减其营业额减除项目,营业额减除项目支付款项凭证,必须是发票或合法有效凭证;将不合法、无效的发票入账冲减营业收入,会造成少申报缴纳营业税及附加和企业所得税。构成涉嫌偷税罪,地税部门就会追究个人和公司的责任,对使用者可处以2000元以上1万元以下的罚款。你公司应先将该业务员用假票报销的费用在会计上冲出,保留原始单据并复印单据作为证据,阐明利害关系可双方协商解决,如实在不行只有拿起法律武器先到当地主管地税机关举报,如数额巨大可直接其将移送公安机关进一步追究刑事责任。