三方协议书学校毕业生就业部门那里是盖那里的章呢？

没有生效。
三方协议是明确毕业生、用人单位、学校三方在毕业生就业工作中的权利和义务的书面表现形式。需要用人单位和高校都盖章之后才是生效的。
三方协议书是明确毕业生、用人单位、学校三方在毕业生就业工作中的权利和义务的书面表现形式，以便于解决应届毕业生户籍、档案、保险、公积金等一系列相关问题。
协议在毕业生到单位报到、用人单位正式接收后自行终止。因而三方协议书只是毕业生、用人单位、学校三方之间签订的就业意向，不是劳动关系的法律文件，对劳动关系没有约束力，只有毕业生到单位报到，并与单位签订了劳动合同或形成了事实劳动关系，意向变为现实之后，毕业生才能和用人单位形成正式的劳动关系。
有的企业在和学生签订三方协议后，要求学生毕业前到公司实习，企业在学生毕业后根据其实习表现及签订劳动合同的原则，协商签订劳动合同，也可能出现不签订的情况。因此，对于毕业生来说，签订了三方协议并没有进入就业的“保险箱”，还需要接受用人单位实习期、试用期的进一步考察。