我们是拆迁自建房，一共三层，我两层我妹一层，但只有一个房产证，是我们两个人的名字，请问房产证能分开吗

根据城乡规划法，违章建筑拆除，政府部门应该出具书面违章建筑认定书。现在鉴于您的房屋已经被拆除，您可以向本地区人民法院提起行政诉讼。
一、2019建房新政策：自建房缴税
1、私自占用耕地建房的在农村自建房，如果是占用了耕地进行建房的，基本上都是需要进行缴税费的。不然的话，一般是会被认定为违章的建筑。根据2019年最新政策规定，占用耕地作为宅基地的，没处都不得允许超过200平方米，而且占用建设用地与未利用地的，一般也是不得超过233平方米。
2、占用耕地进行从事非农业建设的如果是占用耕地来建新房，那怕你只是占用了耕地相当小的一个部分，也都是不允许的，而且不管是任何单位或者是个人进行建房，这些都是必须要缴税。不然也可以被认定为一些违章建筑，就是拆了也是可以了。