红字发票申请单审核通过后，发票还会有影响吗

取得的红字增值税发票是不需要认证的。这里又要分几种情况处理红票
1.如果你是红票对应的原票没有认证过，对方给你开具的红票的话，你只需把它跟红票申请单、红票通知单、红字发票装订一起即可，重新索要发票。
2.如果是由于退货等取得的红票，那么在申请开具红票时，你就相应的做进项税转出处理了，等红票拿到后，直接附到凭证后即可。根据《国家税务总局关于修订增值税专用发票使用规定的补充通知》(国税发18号)的规定：“红字专用发票暂不报送税务机关认证。”红字发票，是企业在发生销售退回时所开具的，开局之前，必须要向税务局申请开局《红字增值税专用发票》，经批准后，才可以开具，并及时入账!按照你的情况：
一、只要前面发票已认证，超过了90天仍可申请开具红字发票。技术上也没任何问题。　　
二、发票已认证，则应由购货方即你公司向主管税务机关提交开具红字发票的申请单。主管税务机关出具通知单后交给对方;　　
三、已认证的发票，虽然是退货，但你公司仍应正常将该发票申报抵扣税款，在主管税务机关出具红字发票通知单后，在次月申报期，填列在申报表附表二的第21行，做进项税额转出处理。　　
四、如发票一直未认证，超过了90天，则无法再进行冲红处理。没有发票开出超过3个月就不能开红字发票之说!对方可以开红字发票的，但需要购买方准备相应手续去所属税务局申请，经过税务局审核后，税务局会出具红字发票通知单，将通知单给对方就可以开发票了，相关事宜可以打12366咨询当地税务机关。