区别主要有以下几点:
1,“先征后退”或者“即征即退”,企业可以抵扣进项税额,而直接免税则不能;
2,先征后退”或者“即征即退”,企业可以开增值税专用发票,若是免税的话,根据增值税暂行条例及实施细则,取的增值税专用发票用于非税项目的不允许抵扣,免税项目不能开增值税专用发票(除某些特殊商品除外)。
3,根据《财政部国家税务总局关于增值税、营业税、消费税实行先征后返等办法有关城建税和教育费附加政策的通知》(财税[2005]72号)规定,对“三税”实行先征后返、先征后退、即征即退办法的,除另有规定外,对随“三税”附征的城建税和教育费附加,一律不予退(返)还。如果直接免税,附加税就无从征收了。