根据《国家税务总局关于〈关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定〉执行口径的通知》(国税函〔2001〕84号)规定,投资者兴办两个或两个以上企业,并且企业性质全部是独资的,年度终了后汇算清缴时,应纳税款的计算按以下方法进行:汇总其投资兴办的所有企业的经营所得作为应纳税所得额,以此确定适用税率,计算出全年经营所得的应纳税额,再根据每个企业的经营所得占所有企业经营所得的比例,分别计算出每个企业的应纳税额和应补缴税额。计算公式如下:应纳税所得额=Σ各个企业的经营所得应纳税额=应纳税所得额×税率-速算扣除数本企业应纳税额=应纳税额×本企业的经营所得/Σ各个企业的经营所得本企业应补缴的税额=本企业应纳税额-本企业预缴的税额