补充协议在单独条款里写了违约责任，没有把违约责任写在条款之外，是不是说该违约责任只约束所在的条款？去一共三条，违约责任写在了第二条的末尾

根据法律的规定，合作协议书违约条款中构成违约责任应具备的要件有：
1.有不履行或者不完全履行合同义务的行为
2.当事人的违约行为造成了损害事实
3.违约行为和损害结果之间存在着因果关系。合同法关于违约责任的规定合同法第一百一十条当事人一方不履行非金钱债务或者履行非金钱债务不符合约定的，对方可以要求履行，但有下列情形之一的除外：
(一)法律上或者事实上不能履行
(二)债务的标的不适于强制履行或者履行费用过高
(三)债权人在合理期限内未要求履行。合同法第一百一十一条质量不符合约定的，应当按照当事人的约定承担违约责任。对违约责任没有约定或者约定不明确，依照本法第六十一条的规定仍不能确定的，受损害方根据标的的性质以及损失的大小，可以合理选择要求对方承担修理、更换、重作、退货、减少价款或者报酬等违约责任。合同法第一百一十二条当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，在履行义务或者采取补救措施后，对方还有其他损失的，应当赔偿损失。