公司清算中，股东平等原则仍然为剩余财产分配时必须坚持的原则。如果公司仅仅发行有普通股，剩余财产分配较为容易，即用公司发行股份总数去除剩余财产总额，然后乘以某股东持股数量，即为该股东所分得的剩余财产。但是。在公司既发行有普通股，又发行有优先股时，应如何对剩余财产进行分配在发行有优先股的公司，应先向优先股股东分配剩余财产，然后再向普通股股东分配。此为股东平等原则所许，亦合于意思自治原则，但为周全计，公司章程应当对优先股股东优越于普通股股东分配剩余财产的权利进行明确规定。我国国家体制改革委员会于1992年发布的《股份有限公司规范意见》第102条第2款曾经规定，按优先股股份面值对优先股分配，如不能足额偿还优先股股金时，按各优先股股东所持比例分配。可惜1993年《公司法》未予采纳。依学者见解，公司也可以通过公司章程，对优先股股东分配剩余财产的数量作出规定，例如某一固定的金额，或者优先股股票面额的一定百分比。在优先股股东依照法律或者公司章程的规定分得公司剩余财产之后，余下财产在普通股股东之间，按照持股比例进行分配。3
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