我为他人担保5万，债务人跑了但超市和食品加工厂还在,担保时合同上注明为超市进货用。请问还款期限就要到了，对于债务人的财产我该怎么办？

你还款后可以向债务人进行追偿

1、担保人承担什么责任要视担保条款，有连带责任（担保人承担被担保人义务，可将担保人直接起诉）和补充责任（先向被担保人求偿，不足的由担保人补足，必须先起诉被担保人）等。所以单从你的叙述中不能明确担保人的责任，请详细叙述后再进行咨询。
2、债务人跑了担保人不影响起诉，法院可以公告送达诉讼文书，也可以据此申请执行。