我跟女朋友已经住在一起很久了，现在需要解除非法同居关系了，那么应该怎么办理手续呢？

根据我国婚姻法的规定，二人同居关系的解除，法院是不会受理的。但是如果涉及同居期间的财产分割或子女扶养问题，法院是应当受理，并将同居关系的解除一并处理的。
再根据我国民法关于人权保护的规定，女方在同居关系存续时，怀孕并堕胎，如果非出于女方原因，导致女方主动提出终止同居关系，那么男方应当对女方因怀孕堕胎而造成的财产损失和身体损害予以一定的补偿。
综上，如果他要去法院起诉你，你可以作出答辩，要求男方支付你的损失补偿金，以及分割同居期间的共有财产。
敬告楼主，同居有风险，选人须谨慎。