医院通常是公益性的，所以有肯定扶持优惠，但会以可否营利加以区分：
一、相同部分：
1、对其自产自用的制剂免征增值税；
2、需要代扣代缴个人所得税；
3、各类应税合同、凭证，权利许可证照等应当交纳印花税。
二、差别部分
（一）非营利性医疗组织1、按照国家限定的价格获到的医疗服务收入，免征各项税收。2、自用的房屋、土地、车船，免征房屋税、城镇土地使用税和车船使用税。2、从事非医疗服务获到的收入，如租赁收入、财产转让收入、训练收入、对外投资收入等应按限定征收各项税收。非营利性医疗组织将获到的非医疗服务收入，直接用于改善医疗卫生服务要求的部分，经税务部门审核准许可抵扣其应纳税所得额，就其余额征收公司所得税。
（二）营利性医院1、对其获到的医疗服务收入免征营业税；2、其获到执业登记之日起，3年内予以下列优惠：土地、车船免征房屋税、城镇土地使用税和车船使用税。3年免税期满后恢复征税（3年免税期满后恢复征税）；3、需要交纳公司所得税；
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