种子投资人入股协议，如何设计才能合理，是否一定要代持对创始人最有利，退出机制如何设定

建议委托律师起草为宜

您好，根据你所描述的情况，
首先，合伙人股权代持的方式（即由部分股东代持其他股东的股份进行工商注册），可以减少初创期因核心团队离职而造成的频繁股权变更，
其次，股份绑定期最好是4到5年，任何人都必须在公司做够起码1年才可持有股份（包括创始人），
然后逐年兑现一定比例的股份。
最后，关于退出机制应提前设定好，约定好在什么阶段合伙人退出公司后，要退回的股权和退回形式。创业公司的股权价值是所有合伙人持续长期的服务于公司赚取的，当合伙人退出公司后，其所持的股权应该按照一定的形式退出。一方面对于继续在公司里做事的其他合伙人更公平，另一方面也便于公司的持续稳定发展。