男的在外面有外遇。结婚7年，有两个小孩子，男孩5岁，女孩两个月，男的家里有一个店面，两套房子。。，一套是父母的，然后一套是婚后男方父母买的两个人的，贷款买的，还有35万没缴清。想问下这官司该怎么打？

可以起诉离婚。

对于小孩的抚养权一般先由男女双方协商解决，双方协商解决不了起诉到法院，法院会根据双方的扶养条件、教育背景、小孩年龄以及夫妻双方是否存在不适合抚养小孩的特殊情形来判决。
因为你们的小孩到现在还不满两岁，实践中法院一般将2岁以下的小孩判决给女方抚养照顾，因为这个年龄段的小孩，无论是生活上还是情感上都比较适合由女方来抚养，除非女方有特殊情形存在。这里的特殊情形是指一方长期存在家暴、遗弃、虐待小孩的情形或者是自身存在吸毒、赌博的恶习且屡教不改。