1、证据不足已经批捕撤销案件后可以申请国家赔偿。人民检察院在证据不足的情况下’作出批准逮捕的决定的,不但严重违反国家法律制度的规定,也侵犯当事人的人身自由权,应当由该检察院承担赔偿责任,受害人可以向其申请国家赔偿。
2、法律依据:《国家赔偿法》
第三条 行政机关及其工作人员在行使行政职权时有下列侵犯人身权情形之一的,受害人有取得赔偿的权利:
(一)违法拘留或者违法采取限制公民人身自由的行政强制措施的;
(二)非法拘禁或者以其他方法非法剥夺公民人身自由的;
(三)以殴打、虐待等行为或者唆使、放纵他人以殴打、虐待等行为造成公民身体伤害或者死亡的;
(四)违法使用武器、警械造成公民身体伤害或者死亡的;
(五)造成公民身体伤害或者死亡的其他违法行为。