结论:根据适用的程序来确定。
解析:
协议纠纷案件的结案时间要根据其适用的程序来确定。适用简易程序审理案件的审限为3个月,不能延长,若3个月内不能审结,转为普通程序继续审理。适用普通程序进行审理的,根据《民事诉讼法》规定,应当在立案之日起六个月内审结。有特殊情况需要延长的,由本院院长批准,可以延长六个月;还需要延长的,报请上级人民法院批准。适用简易程序审理的,根据《民事诉讼法》规定,应当在立案之日起三个月内审结。
法律依据:
《中华人民共和国民事诉讼法》第一百五十二条人民法院适用普通程序审理的案件,应当在立案之日起六个月内审结。有特殊情况需要延长的,经本院院长批准,可以延长六个月;还需要延长的,报请上级人民法院批准。《中华人民共和国民事诉讼法》第一百六十四条人民法院适用简易程序审理案件,应当在立案之日起三个月内审结。有特殊情况需要延长的,经本院院长批准,可以延长一个月。