间谍组织和间谍组织代理人由什么部门确认

国家安全机关是反间谍工作的主管机关，所以间谍组织和间谍组织代理人由国家安全机关确认。
《中华人民共和国反间谍法》第三条
国家安全机关是反间谍工作的主管机关。
公安、保密行政管理等其他有关部门和军队有关部门按照职责分工，密切配合，加强协调，依法做好有关工作。
《中华人民共和国反间谍法》第三十八条
本法所称间谍行为，是指下列行为：
(一)间谍组织及其代理人实施或者指使、资助他人实施，或者境内外机构、组织、个人与其相勾结实施的危害中华人民共和国国家安全的活动;
(二)参加间谍组织或者接受间谍组织及其代理人的任务的;
(三)间谍组织及其代理人以外的其他境外机构、组织、个人实施或者指使、资助他人实施，或者境内机构、组织、个人与其相勾结实施的窃取、刺探、收买或者非法提供国家秘密或者情报，或者策动、引诱、收买国家工作人员叛变的活动;
(四)为敌人指示攻击目标的;
(五)进行其他间谍活动的。