(1)主体不同,非法剥夺公民宗教信仰自由罪要求行为人必须具备国家机关工作人员的身份,而非法拘禁罪的主体则为一般主体。所以,不具有国家机关工作人员身份的一定不能构成非法剥夺公民宗教信仰自由罪。
(2)犯罪的主观方面,非法剥夺公民宗教信仰自由罪行为人明知自己是在非法剥夺他人宗教信仰自由,却故意实施;非法拘禁的行为人则是明知剥夺他人人身自由是非法的行为而故意为之。两罪行为人主观上认识的内容不同,追求的结果也不同。
(3)犯罪的客观方面不同,非法剥夺公民宗教信仰自由罪的行为人除了对人身自由的直接限制、剥夺外,还表现为毁坏宗教设施、散播污辱性的言论等各种力式,非法拘禁罪表现为行为人拘留、禁闭或者其他强制方法,但都是直接作用于被害人的人身的方法。