在股权转让协议纠纷中,如果双方当事人对管辖法院有约定且约定有效的,应适用其约定;没有约定或约定不明,应适用法律规定,即由被告住所地或合同履行地人民法院管辖。
【法律依据】
《民事诉讼法》第21条,对公民提起的民事诉讼,由被告住所地人民法院管辖;被告住所地与经常居住地不一致的,由经常居住地人民法院管辖。对法人或者其他组织提起的民事诉讼,由被告住所地人民法院管辖。同一诉讼的几个被告住所地、经常居住地在两个以上人民法院辖区的,各该人民法院都有管辖权。
《民事诉讼法》第34条,合同或者其他财产权益纠纷的当事人可以书面协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地等与争议有实际联系的地点的人民法院管辖,但不得违反本法对级别管辖和专属管辖的规定。